Will, era un chico de doce años que vivía sólo con su madre, su padre había desaparecido hacía tiempo, y él era el que tenía que cuidar de su madre ya que estaba muy enferma.
Un día unos hombres entraron a su casa buscando unas cartas que su padre le había mandado a su madre antes de desaparecer. El chico accidentalmente mato a uno de ellos, y encargando a su madre bajo el cuidado de su antigua maestra de piano huyó a Oxford ya que la policía lo buscaba.
Ahí descubrió un portal que llegaba a otro mundo, lo cual lo ayudo bastante para no ser descubierto, lo que había hecho lo había afectado mucho.
Ese mundo era algo distinto al de él, y lo extraño era que parecía deshabitado. Fue ahí donde conoció a Lyra, una niña que como él, no pertenecía a ese mundo.
Ella tenía un daimonion, es decir su alma se encontraba fuera de ella con forma de animal, su nombre era Pantalaimon y él y la niña era un solo. Todo eso era algo extraño y diferente para Will, ya que Pan podía cambiar su forma a diferentes animales y no podía estar muy separado de su humano, Lyra.
Por su parte la niña también se asombró un poco al ver que Will no tenía daimonion, eso era algo igual de extraño para ella. La chica tenía en su poder un aletiometro, (una brújula dorada la cual siempre decía la verdad) y al preguntarle quien era ese chico, sólo le respondió “un asesino”, eso la tranquilizó e hizo que se sintiera segura con él.
Cada uno de ellos tenía una misión diferente. Lo que no sabían era que por que más que sus caminos parecieran distintos, el destino tenía planeado juntarlos.Lyra quería descifrar que era “el polvo” ya que en su mundo había habido varios conflictos por eso, mientras que Will sólo quería encontrar a su padre.
Con ayudad de la doctora Mary, del mundo de Will, descubren que el polvo es algo que existe en todos los mundos y que los niños no lo atraen por su inocencia, pero los adultos si, por eso los daimonions de los niños dejaban de transformarse en la adolescencia.
Desafortunadamente en el mundo de Will le roban el aletiometro a Lyra y sólo podía recuperarlo si lograba conseguir una daga que se encontraba en el otro mundo, donde los niños se escondían.
Will, le ayuda a conseguir la daga haciéndose el portador de esta, una daga sutil la cual puede abrir ventanas entre todos los mundos existentes.
Así fue como los niños recuperaron el aletiometro, con ayuda de la daga pero sin entregarla. Gracias a esta pudieron ir a diferentes mundos.
Will se encuentra con su padre, que había estado viviendo en el mundo de Lyra, pero una bruja despechada mata a su papá en el momento en que se dan cuanta de quienes son mutuamente.
Secuestran a Lyra y Will va a buscarla, descubre que estaba con su madre, la señora Coulter, la rescata y se dirigen al mundo de los muertos, para salvar a un amigo de Lyra, Roger, (que había muerto por culpa de experimentos con el polvo) y encontrar también al padre de Will, pero a cambio tienen que separarse de sus almas. La separación era algo difícil y dolorosa, más para la niña que conocía a Pan directamente.
En el mundo de los muertos abren una ventana para que todas las personas puedan escapar de ese horrible lugar. Al salir simplemente desaparecían, pero eso era mucho mejor que estar en ese horrible lugar, donde nunca pasaba nada.
Una guerra entre todos los mundos se desencadeno por culpa del papá de Lyra, Lord Asriel. La daga era el arma más poderosa de todos los mundos, por lo que los niños tuvieron que acudir.
En medio de la pelea encontraron a sus daimonions, Will conoce al suyo, Kirjava, y Lyra descubre que se pueden separar de Pan sin dolor, pero que siguen siendo una sola persona.
Algo que ni Will ni Lyra se enteran nunca es que los padres de Lyra, Lord Asriel y la señora Coulter, se sacrificaron para que su hija estuviera a salvo y encontrara a su daimonion, matando a Metatron, el ángel líder de el Reino, por el cual se empezó toda la pelea, (ya que lord Asriel no veía justo que todas las iglesias y magisterios de todos los mundos apoyaran al Reino ocultando la verdad del polvo).
Will y Lyra descubren que significan algo mucho más que sólo amigos el uno al otro, pero no pueden estar juntos por el hecho de ser de mundos distintos. Disfrutaron al máximo sus últimos momentos juntos, y prometieron verse cada año en el jardín botánico, aunque sólo fuera algo simbólico.
Se encargan de romper la daga para que no existan más ventanas en los mundos, ya que por ellas se escapaba el polvo. Los ángeles tomaron la tarea de cerrar todas las puertas entre los mundos, ya que ellos tienen su propia manera de viajar entre estos, dejando sólo abierta la del mundo de los muertos.
Will y Lyra son obligados a separarse, ya que al vivir en un mundo que no sea el tuyo tu salud va desmejorando hasta llegar a la muerte teniendo sólo pocos años para estar bien en ese lugar. Y como Will no podía dejar a su madre sola, ni resistiría ver a Lyra morir en su mundo tan joven, deciden vivir separados.
Y así es como la historia de los dos niños, ya no tan niños, se termina. O al menos eso creían…